| Bacia Hidrográfica de Florianópolis |
| Bacia Hidrográfica do Rio Araranguá |
| Bacia Hidrográfica do Rio Biguaçu |
| Bacia Hidrográfica do Rio Camboriú |
| Bacia Hidrográfica do Rio Canoas |
| Bacia Hidrográfica do Rio Canoinhas |
| Bacia Hidrográfica do Rio Chapecó |
| Bacia Hidrográfica do Rio Cubatão Norte |
| Bacia Hidrográfica do Rio Cubatão Sul |
| Bacia Hidrográfica do Rio D'Una e Complexo Lagunar |
| Bacia Hidrográfica do Rio Irani |
| Bacia Hidrográfica do Rio Itajaí- Açu |
| Bacia Hidrográfica do Rio Itapocu |
| Bacia Hidrográfica do Rio Jacutinga |
| Bacia Hidrográfica do Rio Mampituba |
| Bacia Hidrográfica do Rio Negro |
| Bacia Hidrográfica do Rio Pelotas |
| Bacia Hidrográfica do Rio Peperi-Guaçu |
| Bacia Hidrográfica do Rio Tijucas |
| Bacia Hidrográfica do Rio Timbó |
| Bacia Hidrográfica do Rio Tubarão |
| Bacia Hidrográfica do Rio Urussanga |
| Bacia Hidrográfica do Rio da Madre |
| Bacia Hidrográfica do Rio das Antas |
| Bacia Hidrográfica do Rio do Peixe |
| Complexo Hidrológico |